Я сопротивляюсь утверждению, что порядок на столе отражает порядок в голове, но вижу этом некоторую правду.
Если не обработать только что скаченный/сгенерированный файл и не прикрепить его к нужному месту, то скоро такой подход приведет к заполнению этой папки аналогичными файлами.
Своевременно определяйте место каждому файлу. Я не говорю, что каждому файлу нужна своя папка. Кто сказал, что папка это именно то, что должно сопутствовать файлу? Файл с точки зрения его роли это либо функциональная единица кода какого-то сервиса, либо это вложение, либо база данных, либо контейнер данных.
- в первом случае (код) это составляющая сайта, веб-приложения, сервиса - тут априори нужна файловая структура и с этим все понятно, вы разместите файл там, где нужно. Особенно, если код хранится централизованно, например как git.
- если файл является по сути вложением (для дальнейшей передачи или скачивания другими людьми), то его нужно поместить туда, откуда он будет скачиваться/просматриваться. Вложения не размещаются в структуре git, а выносятся как вложения на специальные платформы в виде артефактов. Это может быть Maven-репозиторий или же просто сайт с прикрепленным к странице вложением.
- базы данных в любом понимании требуют специальной структуры и врядли вы ошибетесь с этим, иначе база работать не будет.
- под контейнером данных можно понимать как контейнерную архитектуру (Docker) для интеграции в рабочие среды, так и самостоятельные единицы типа файлов с фильмом. В первом случае правила жесткие, но там ошибиться сложно, а во втором - вы сами управляете структурой.
Как вы поняли контекст, речь идет о планировании размещения файла с учетом его использования в дальнейшем. Если вас не заботит перспектива использования файла, то значит он вам не нужен. Не нужен файл - удалите его. Нет файла - нет забот 
.
На днях порассуждаем о том, правильно ли применять подход “выбрасывай ненужные вещи из дома”. И здесь придется вспомнить о том, что я не совсем согласен с утверждением “порядок на столе отражает порядок в голове.”
