Resisto à afirmação de que a ordem na mesa reflete a ordem na mente, mas vejo alguma verdade nisso.
Se não processarmos o arquivo recém-baixado/gerado e não o anexarmos ao local apropriado, logo esse método levará ao preenchimento desta pasta com arquivos semelhantes.
Defina o lugar de cada arquivo em tempo hábil. Não digo que cada arquivo precise de sua própria pasta. Quem disse que uma pasta é o que deve acompanhar um arquivo? Do ponto de vista de seu papel, um arquivo é ou um bloco de código de algum serviço, ou um anexo, ou um banco de dados, ou um container de dados.
- no primeiro caso (código), é um componente do site, aplicativo web, serviço - aqui é óbvio que você precisa de uma estrutura de arquivos e tudo fica claro, você coloca o arquivo onde ele deve estar. Especialmente se o código for armazenado centralmente, como git.
- se o arquivo é essencialmente um anexo (para ser transmitido ou baixado por outras pessoas), ele deve ser colocado de onde será baixado/visualizado. Anexos não são colocados na estrutura do git, mas são extraídos como artefatos em plataformas especiais, como um repositório Maven ou simplesmente um site com um anexo anexado à página.
- bancos de dados em qualquer compreensão exigem uma estrutura especial e dificilmente você se errará nisso, caso contrário o banco não funcionará.
- sob um container de dados pode ser entendido como uma arquitetura de contêiner (Docker) para integração em ambientes de trabalho, ou unidades autônomas como arquivos com um filme. No primeiro caso, as regras são rígidas, mas lá é difícil errar, e no segundo você gerencia a estrutura sozinho.
Como você percebeu o contexto, estamos falando sobre planejar onde colocar um arquivo levando em consideração seu uso futuro. Se você não se importa com a perspectiva de usar o arquivo, então ele não precisa de você. Um arquivo desnecessário deve ser excluído. Sem arquivos, sem preocupações 
Há alguns dias discutiremos se é correto aplicar a abordagem “jogue as coisas desnecessárias para fora da casa”. E aqui precisaremos lembrar que não sou totalmente de acordo com a afirmação “a ordem na mesa reflete a ordem na mente.”
